L-цистеин негізінен медицинада, косметикада, биохимиялық зерттеулерде қолданылады; нан материалдарында глютеннің пайда болуына ықпал етеді және ашытуды, көгеруді және қартаюды болдырмайды. Табиғи шырындарда С дәрумені тотығуының алдын алу және шырынның қоңыр түсуіне жол бермеу үшін қолданылады. Өнім детоксикация әсеріне ие, оны акрилонитрилмен улану, хош иісті ацидоз кезінде қолдануға болады.